يقدم معهد مشغاف مقاربة واقعية للأمن القومي ويعمل على دمجه في عمليات التفكير والتخطيط في أنظمة الدولة مئير بن شبات ، مستشار الأمن القومي والرئيس السابق لمجلس الأمن القومي ، سيرأس معهد مشجاف للاستراتيجية الصهيونية والأمن القومي في القدس.